近年来，我国物流产业发展迅速，甚至已成为许多企业的“第三利润源”。
然而，不可忽视的是，我国物流企业普遍陷入了利润微薄、发展乏力的困境。究其原因，有资金和人才短缺、管理落后、信息化水平低、功能单一、“价格战”恶性循环、区域分割协同性差等。从根本上分析，我国第三方物流面临的种种困境可归结为以下五大矛盾：
企业快速发展与资金短缺的矛盾
物流的效益来自于网络和规模经济，在网络布局和信息化建设方面的迟缓，足以影响我国未来第三方物流企业在市场中的地位。
随着2005年底中国物流业的全面开放，外资物流企业凭借资本和技术优势，对国内网络较为完善的民营物流企业进行了多次并购，大张旗鼓地布局中国物流市场。与外资企业并购重组速度相比，中国的物流企业发展虽然成绩不俗，但无论是国有企业，还是民营企业，差距是明显的。对于初创时期的我国第三方物流业来讲，规模小、网络有限，制约了企业的快速发展，国外巨头雄厚的资本更是令国内企业相形见绌。资金瓶颈直接制约了国内第三方物流企业的资源整合和网络扩张速度，进而影响了我国物流企业综合竞争实力的提高。
同时，资金短缺也影响了我国物流行业在信息化建设和引进先进物流技术方面的推进速度。国内物流企业虽然对信息化和引进先进技术手段的重要性达成了共识，但由于信息化和新技术往往投资巨大，且要求供应链中的上下游企业同步实施才能真正产生成效，大部分物流企业只能望洋兴叹。除投资资金短缺外，大部分第三方物流企业的运营资金亦在迅速扩大的业务规模中捉襟见肘。
物流行业复杂化与人才瓶颈的矛盾
现代物流是一个兼有知识密集、技术密集、资本密集和劳动密集特点的外向型和增值型的服务行业，综合性强、操作性强，其所涉及的领域十分广阔。从物流人才的职能结构看可分为规划类、营销类、管理类和作业类。目前的物流人才供给状况中，作业类人员有富余，而规划类、营销类、管理类人才，尤其是复合型的人才缺乏严重。从统计资料表明，在我国物流人才的招聘中，规划类、营销类和管理类的职位需求比例占到60%以上。
相对于物流业快速发展而言，我国物流教育相对滞后，致使我国物流人才在结构上的矛盾愈加突出。现有大专院校的物流专业毕业生，在专业知识结构上普遍存在着缺乏硬学科知识背景的问题，而掌握物流专业知识同时又兼备金融、贸易等其他专业知识的复合型人才则更是少而又少。
规范化运作与市场相对无序的矛盾
在物流硬件设施不断改善的情况下，中国物流市场的软环境并没有相应幅度的改观，我国物流市场的无序性较大程度的干扰了正规物流企业的正常运营，成为了我国物流业健康发展的“软性瓶颈”。我国物流市场的无序性主要表现在两个方面，即市场竞争的无序和物流行业标准的缺乏。
目前，中国物流产业呈现过度竞争和高度垄断并存的奇怪市场格局。在基础物流服务领域，如公路运输领域过度竞争十分严重，但在铁路、航空运输领域，垄断性又非常强。我国大部分物流企业从事基础物流服务，功能单一，物流市场准入低，监管力度小，导致目前我国物流市场陷入价格战怪圈。而物流需求企业出于降低成本的压力，价格在其物流外包决策中占有很大的权重，致使出现了很多“胆量大”的“劣质”物流企业在竞争中将合法经营的“优质”物流企业“打败”的怪现象。
物流市场的无序化还表现在缺乏全国统一、与国际接轨的物流行业标准，物流企业各行其是，物流运作标准不一、物流工具规格不一，物流条码不统一，诸多物流标准的缺失增加了物流协同运作的难度，降低了物流效率。
行业快速发展与国企改革相对滞后的矛盾
我国第三方物流快速发展与国有企业改革相对滞后的矛盾主要体现在两个方面：一是国内物流需求企业尤其是国有企业由于物流观念相对落后或者企业内部的原因自营物流，导致第三方物流需求没有得到充分释放；二是脱身于国有企业的第三方物流企业在人力资源管理、决策机制等企业管理制度上还保留着较多原有体制的烙印，在一定程度上局限了第三方物流企业的快速壮大与发展。
第三方物流是社会分工发展的必然趋势，以其专业化、系统化、高效率的服务能力已成为社会物流发展的主流模式。但根据《2007年中国物流年鉴》，我国2006年物流总费用为3．8万亿元，而第三方物流总费用仅为0．23万亿元，比重不到10%，我国第三方物流的需求没有得到充分释放。
从物流企业内部管理体制上看，长期以来，国有企业改革遗留下不少问题，如政策性亏损、债务负担大、在职人员偏多、离退休人员不断增加等，从国有企业改制过来的第三方物流企业，也遇到类似问题，成为了新兴的第三方物流公司的“老包袱”。
现代物流协同化与行政分割的矛盾
物流业是一种跨部门、跨行业的服务行业，不但涉及公路、铁路、航空、水路甚至管道运输等多种方式，还涉及多个业务种类。物流涉及的行业主管部门不但有交通部、铁道部，还有民航总局、邮政局、海关等，这些部门各有各的规划，缺乏统一的大物流构想，导致物流企业在整合各项资源时难度很大。
