（1）平等原则
供应链成员企业，无论规模大小，实力强弱，在合作中的地位和对利益追求的权力是平等的。平等原则是利益分配的最基本的原则，如果供应链企业相互间不平等，那么就不可能形成长期的合作关系，也不能使整个供应链保持高效的运营，也就不能实现供应链最大利益。
（2）公平兼顾效率的原则
供应链企业是作为一个整体开展活动的，企业间存在着复杂的相互关联的工作内容，需要各成员企业的相互协同工作，公平有助于企业间的团结精神，避免企业间过度竞争和隔阂，从而影响整个供应链的绩效。但对这个问题也要辩证的看待，因为过分的公平可能会挫伤供应链中最优秀企业的积极性，所以必须在公平和效益之间找一个平衡，即公平也兼顾效益。
（3）互惠互利的原则
所谓的互惠互利是指在企业合作过程中，要保证每个成员企业都能从成功后的供应链中获取相应的利益，否则将会损害成员企业的积极性。在博弈论中己经证明，要保证联盟的稳定性，必须保证加入供应链后企业从供应链中获取的利益要大于不加入供应链的利益，否则成员企业就不会加盟供应链企业。只有互惠互利才能谋求长久、稳定的共同发展，无原则的侵占其它企业应得的利益，会损坏合作关系的融洽，最终会使合作关系破裂。
（4）协商让利原则
在利益分配中过程中，最容易产生分歧引起纠纷的，是在实践中出现的协议中又无规定的或规定不明确的新利益。这时，应本着实事求实、充分协商的原则解决。因为任何一个成员如果因不满而退出都会导致联盟的破裂，必须通过高层间的谈判及协商来解决利益分配问题。另外，当实际利益分配明显有利于某企业时，该企业应适当让出一部分利益给利益分配明显偏低的企业，以谋求共同发展。
（5）利益与风险挂钩原则
一般而言，成员企业所承担的风险越大，其所获的利益也应该越多，如果不考虑利益与风险的相关性，企业将会缺乏动力去承担风险。目前，有学者采用模糊综合评判方法来进行合作伙伴市场、技术、合作等各类风险系数的估算，据此求出伙伴总的风险系数，并在计算各伙伴的总投资额的基础上，利用风险系数来确定各伙伴的收益分配比例。
（6）民主决策原则
供应链企业的利益分配方案制定的过程是一个由众多成员企业群体决策的过程。在决策过程中成员企业可以从自身的角度提出初始的利益分配方案，而核心企业则引导成员企业对所有初始方案进行选择或修改。供应链企业利益分配方案的群体决策过程充分体现了决策的民主性，使得最后制定的利益分配方案更容易让成员企业接受，对成员企业更具有鼓励性。
（7）科学分配原则
制定供应链企业利益分配方案是以科学的合作利益分配理论为基础，而不是完全凭主观判断。以科学的理论为基础制定的虚拟企业利益分配方案将更能让成员企业接受。
（8）信息透明原则
信息沟通问题通常是引起矛盾的原因，因此，为了减少因信息沟通而造成的误会和矛盾，供应链核心企业在利益分配过程中应及时披露利益分配的方案、计算方法等方面信息。
另外，对利益分配应该有广义的认识，利益分配不仅是指合作产品及其利润的分配，而且还应该包括联盟所产生的专利权、技术诀窍、商标、商誉等，也应该对这些无形资产进行科学的评估，为利益分配提供依据。
从上面的分析我们可以看出公平分配是维系合作关系的关键，也就是确定合理的贡献率值（第方对由方构成的供应链的整体收益的贡献率，有。同一个企业在节点不同的供应链中的分配率是不相同的；在相同的节点数、不同的节点构成的供应链中的分配率也是不同的），合作博弈理论正是解决这类问题的常用方法，我们根据博弈理论，按照Shapley值将合作收益均等地分配于各合作方，提出了供应链利益分配方案实施的步骤：
（1）供应链各企业分别建立对外协调部门
企业对外协调部门主要是处理本企业与其它企业之间的冲突，尤其是利益冲突，一般应由企业的副总经理负责。
（2）各协调部门共同确定合作利益分配的原则
古人曰：没有规矩不成方圆。因此在进行供应链利益分割之前，应该共同制定一个利益分配原则，以免以后引起纠纷无章可循。
（3）选择一个科学合理的利益分配方案
利益分配原则只是一个总的指导原则，还不能根据这个原则进行科学、合理的分配，因此，必须根据利益分配相关理论和模型，结合自己的实际情况，选择一个适合自己的利益分配方案。
（4）利益分配方案的实施
确定了利益分配的原则和选择了利益分配的模型后，供应链核心企业就可具体实施利益了。
（5）修正利益分配方案经过初次的利益分配后，由于模型本身的不足或实际情况的复杂性，或由于其它的原因，可能造成利益分配的结果不太令人满意，这时就需要供应链各企业去协商解决，尤其是核心企业应带领成员企业共同协商去修正利益分配方案，尽量使各成员企业都认为利益分配的公平性、合理性。
